Це частинкова реалізація класичної епідеміологічної моделі SEIR — основного інструменту математичної епідеміології. Кожна крапка — це людина, яка рухається, контактує з іншими та переходить між станами здоров'я, тож ви бачите, як спалах розгоряється, досягає піку та згасає в реальному часі. Саме такі моделі епідеміологи використовують для прогнозування навантаження на лікарні та планування заходів проти хвороб — від сезонного грипу до COVID-19.
R0 = β / γ — базове репродуктивне число: середня кількість нових інфікувань від одного хворого. Епідемія зростає при R0 > 1 і згасає при R0 < 1. Колективний імунітет настає, коли імунною стає частка 1 − 1/R0 популяції.
Під час спалаху Еболи в Західній Африці 2014 року моделі з R0 ≈ 1.5–2 передбачали вибухове зростання, але заходи, що вдвічі зменшили β, виявилися достатніми для придушення епідемії. Різниця між R0 = 1.1 та 0.9 — це різниця між пандемією та зникненням вірусу.
Одна інфікована людина в місті. Скільки захворіє? Коли досягне піку хвиля? Модель SEIR — Susceptible (сприйнятливі), Exposed (контактні), Infectious (заразні), Removed (одужалі) — математичний двигун за кожною реакцією охорони здоров'я, від грипу до COVID-19.
Модель ділить популяцію на чотири відсіки, пов'язані диференціальними рівняннями. Ключовий параметр — R₀ (базове репродуктивне число): інфекції зростають при R₀ > 1, зникають при R₀ < 1. Колективний імунітет вимагає частку 1 − 1/R₀ популяції бути імунною.
Регулюйте Швидкість передачі β, Швидкість одужання γ та Інкубаційний період σ і спостерігайте, як змінюється крива епідемії. Встановіть вакцинацію для перетину порогу колективного імунітету. Живий графік показує кожен відсік у часі.
Під час спалаху Еболи у Західній Африці 2014 року моделі з R₀ ≈ 1.5–2 передбачали експоненційне зростання. Втручання ВООЗ, які зменшили β на 50%, були достатні для придушення епідемії. Різниця між R₀ = 1.1 та 0.9 — це різниця між пандемією та зникненням вірусу.
Ця симуляція є частинковою реалізацією компартментальної моделі SEIR з математичної епідеміології. Популяція з 400 рухомих крапок розподілена між чотирма станами: Сприйнятливі, Контактні, Заразні та Одужалі. Коли заразна крапка потрапляє в радіус контакту сприйнятливої, вона може передати хворобу з імовірністю, що залежить від швидкості передачі β, а контактні особи інкубують при темпі σ і одужують при темпі γ. Визначальний показник — R₀ = β / γ.
Повзунки задають β (передача), γ (одужання), σ (інкубація), початкову частку вакцинованих та частку заразних на карантині; можна перезапустити симуляцію, поставити на паузу чи змінити швидкість. Живий графік відображає кожен відсік у часі й позначає поріг колективного імунітету 1 − 1/R₀. Саме таку структуру епідеміологи використовують для прогнозування навантаження на лікарні та розробки заходів проти хвороб — від сезонного грипу до COVID-19 і Еболи.
Що таке модель SEIR?
SEIR — компартментальна епідемічна модель, яка розподіляє популяцію на чотири стани: Сприйнятливі (S), Контактні (E — заражені, але ще не заразні), Заразні (I) та Одужалі (R). Люди переходять від S до E, далі до I і до R. Модель розширює простішу SIR, додаючи відсік Контактних для відображення інкубаційного періоду хвороби.
Що означає R₀ і чому важлива позначка 1?
R₀ — базове репродуктивне число — це середня кількість нових заражень, яку спричиняє один хворий у повністю сприйнятливій популяції. Тут воно обчислюється як R₀ = β / γ. Коли R₀ перевищує 1, спалах зростає; коли нижче 1 — згасає, тому значення 1 є переломною точкою між пандемією і зникненням вірусу.
Як насправді поширюється інфекція в цій симуляції?
Кожна заразна крапка перевіряє, чи є поблизу сприйнятливі крапки у фіксованому радіусі контакту. Якщо сприйнятлива крапка виявляється достатньо близько, вона з імовірністю, пропорційною β, переходить у стан Контактних. Пізніше Контактні стають Заразними з темпом σ, а Заразні одужують з темпом γ, набуваючи довічного імунітету.
β (передача) визначає імовірність зараження за один тісний контакт: підвищення робить хворобу заразнішою. γ (одужання) визначає, як швидко заразні одужують; вищий γ скорочує інфекційний період і знижує R₀. σ (інкубація) керує швидкістю переходу Контактних до стану Заразних, визначаючи затримку перед початком спалаху.
Колективний імунітет — це стан, коли достатня частина популяції є імунною, і кожен хворий заражає менше однієї людини, зупиняючи сталий спалах. Він досягається, коли імунною стає частка 1 − 1/R₀ популяції. Графік відображає цей поріг пунктирною лінією, а відсоток зростає зі збільшенням R₀.
Повзунок Вакцинація % встановлює частку популяції, яка від початку вже має імунітет — від 0 до 90 відсотків. Вакциновані крапки не беруть участі в передачі, тому збільшення охоплення усуває сприйнятливих і знижує ефективне репродуктивне число. Якщо охоплення перевищує поріг колективного імунітету, епідемія може не розпочатися.
Повзунок Карантин % ізолює частину заразних осіб, різко обмежуючи їхній рух. Заразна крапка на карантині рухається приблизно в десять разів повільніше, тому зустрічає набагато менше сприйнятливих і передає хворобу значно рідше. Це імітує ізоляцію випадків — ключовий нефармакологічний захід, що застосовується під час реальних спалахів.
Вона відтворює якісну поведінку реальної динаміки SEIR: експоненційне зростання на початку, пік епідемії, згасання та поріг колективного імунітету. Це стохастична індивідуально-орієнтована апроксимація, а не точний розв'язок диференційних рівнянь SEIR; симуляція використовує невелику популяцію з 400 осіб зі спрощеним перемішуванням, тому точні числа слід сприймати як ілюстративні.
Відсік Контактних представляє людей, які заражені, але ще не заразні, відображаючи інкубаційний період хвороби. Він вносить затримку між зараженням і подальшим поширенням, що уповільнює і може пом'якшити пік епідемії. Хвороби з тривалою інкубацією поводяться зовсім інакше, ніж ті, що поширюються негайно, — саме тому SEIR часто є кращим вибором, ніж проста SIR.
Коли R₀ опускається нижче 1, кожен заразний у середньому заражає менше однієї людини, тому ланцюг передачі скорочується і спалах згасає. Цього можна досягти, знизивши β, підвищивши γ, вакцинувавши велику частку або помістивши заразних на карантин. Симуляція відображає показник R₀ зеленим кольором, щойно він опускається нижче 1.
Органи охорони здоров'я використовують SEIR та споріднені компартментальні моделі для прогнозування кількості випадків, навантаження на лікарні та відділення інтенсивної терапії, а також впливу таких заходів, як вакцинація, ізоляція та соціальна дистанція. Під час спалаху Еболи у Західній Африці 2014 року моделі з R₀ близько 1,5–2 передбачали вибухове зростання, а заходи, що вдвічі зменшили β, виявилися достатніми для придушення епідемії.