Дизайн
Використовуйте бібліотеки та MOI (модулі індукції)
Розробка стратегій баркодування та захоплення об'єктів
Встановлення контролів та механізмів реплікації
Аналіз
Завдання, диференційні ефекти, гени та програми, а також виведення мереж.
Приклади
Приклад: Проведення скринінгу регуляторів диференціації.
Розробляйте керівництва та встановлюйте контролі.
Проводьте секвенування одноклітинних транскриптів (scRNA-seq); висновуйте ефекти.
Підтверджуйте результати за допомогою цільових методів.
Часті запитання
Як встановити MOI?
Збалансуйте покриття з показниками однопертурбації.
Побічні ефекти (off-targets)?
Використовуйте валідовані гіди та фільтри.
Ефекти пакету (batch effects)?
Методи рандомізації та корекції.
Продуктивність (throughput)?
Оптимізуйте захоплення та глибину секвенування.
Валідація?
Вторинні дослідження та ортогональні читання.
Етичні питання?
Згода та управління даними.
Проектування бібліотек?
Націлюйте ключові гени та шляхи метаболізму з резервною копією.
Фенотипи?
Використовуйте вкладення (embeddings) та оцінки програм.
Контроль витрат?
Злиття та розумне секвенування.
Звітність?
Обмінюйтесь бібліотеками, кодом та показниками якості контролю (QC).
Спробуйте наживо
Усе, що вище, працює прямо у вашому браузері — відкрийте Michaelis-Menten Kinetics і змінюйте параметри під час роботи. Нічого не встановлюється, нічого не завантажується на сервер, уся модель живе в одній вкладці.
▶ Відкрити симуляцію Michaelis-Menten Kinetics