Огляд Клітинних Атласів

Мотивація

Атласи клітин об'єднують дані про окремі клітини та їхнє розташування, щоб визначити еталони клітинних типів, станів і шляхів розвитку в різних тканинах та під час онтогенезу. Вони лежать в основі діагностики та відкриття терапевтичних засобів.

Збір даних

Секвенування однорядних (scRNA-seq), ATAC-секуенціювання та мультиомнінг.

Проточно-транскриптомний та протеомічний аналіз, а також просторове транскриптомне та протеомічне секвенування.

Стандартизоване отримання та обробка тканин.

Інтеграція та Анотація

Використання пакетної корекції, спільного представлення (joint embeddings) та передачі міток. Застосування онтологій (CL, UBERON) та консенсусних наборів маркерів. Ітеративна експертна курація залишається необхідною.

Просторовий контекст

Зареєструйте типи клітин за допомогою гістології; виводьте інформацію про сусідство та ніші; узгоджуйте дані між донорами та умовами.

Портали та доступність

Публічні портали забезпечують можливість запиту та завантаження даних; необхідно дотримуватися принципів FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) та заходів захисту конфіденційності.

Приклади

Приклад 1: Зв’язування нового набору даних із посилальним атласом Проведіть попередню обробку з використанням стандартного контролю якості; обчисліть вкладення. Зв’яжіться з посилальним атласом; передайте мітки. Підтвердьте за допомогою маркерів та відмінної експресії. Приклад 2: Створення тканинно-специфічного підатласу Агрегуйте публічні набори даних; узгодьте метадані. Інтегруйте та позначте; визначте консенсусні типи. Опублікуйте через інтерактивний портал та API.

Часті запитання

Спробуйте наживо

Усе, що вище, працює прямо у вашому браузері — відкрийте Michaelis-Menten Kinetics і змінюйте параметри під час роботи. Нічого не встановлюється, нічого не завантажується на сервер, уся модель живе в одній вкладці.