Головна▸Статті▸Біологія

Моделювання Метаболічних Мереж

Від реконструкцій на рівні геному до прогнозування метаболізму за допомогою симуляцій.

mysimulator teamОновлено — червень 2026≈ 3 хв читання▶ Відкрити симуляцію

Моделі

Стеохіметричні (GEM) та методів, заснованих на обмеженнях

Кінетичні моделі та параметризація

жива демонстрація · пов'язана симуляція● LIVE

Інтеграція даних

Обмеження оміки, флюксоміка та моделі, специфічні для умов.

Приклади

Приклад: Оптимізація Виходу Біопродуктів

Обмежте модель середовищем та швидкістю поглинання.

Запустіть FBA (Аналіз Функціонального Балансу) та визначте вузькі місця.

Запропонуйте інженерні стратегії та підтвердіть їх.

Часті запитання

Як побудувати GEM?

Почніть з баз даних та відберіть інформацію, використовуючи літературу.

Цільові функції?

Розвиток, підтримка АТФ або встановіть власні цілі.

Обмеження FBA?

Відсутність динаміки; розгляньте кінетичний або dFBA.

Підбір параметрів?

Використовуйте експериментальні дані та априорні значення.

Валідація?

Порівняйте прогнози з мутаціями та даними про потік речовини.

Моделі багатотканинних систем?

Зв'яжіть компоненти та обмінюйтесь потоками речовин.

Термодинаміка?

Додайте обмеження, щоб забезпечити напрямок процесів.

Програмне забезпечення?

COBRApy та пов'язані інструменти.

Невизначеність?

Виконайте аналіз чутливості та ансамблеві методи.

Застосування?

Біотехнології, моделювання хвороб та пошук лікарських засобів.

Спробуйте наживо

Усе, що вище, працює прямо у вашому браузері — відкрийте Michaelis-Menten Kinetics і змінюйте параметри під час роботи. Нічого не встановлюється, нічого не завантажується на сервер, уся модель живе в одній вкладці.

▶ Відкрити симуляцію Michaelis-Menten Kinetics