Протоколы работы
Стратегии приобретения данных DDA и DIA,
Поисковые системы и контроль FDR (False Discovery Rate)
Нормализация и коррекция партий
Статистичний аналіз та інтерпретація результатів
Розрізнене надмірництво, збагачення, мережі та стратегії валідації.
Диференціальний протеомічний аналіз (DIA)
Приклад: Диференціальна протеоміка DIA
Створіть спектральну бібліотеку та проведіть аналіз DIA.
Кількісно оцініть результати з використанням контролю FDR.
Інтерпретуйте дані на основі збагачення (enrichment) та мереж.
Часті запитання
Відсутні значення?
Ретельно імпутайте; аналізуйте закономірності.
Порогові значення FDR?
Контролюйте на рівні пептидів/білків.
Методи квантифікації?
Торгівля між безмітними та мітними методами.
Нормалізація?
Глобальне масштабування або стандартні еталонні розчини.
Ефекти партії?
Випадкування та корекція.
Валідація?
Цільова мас-спектрометрія або ортогональні методи.
Шляхи метаболізму?
Використовуйте куратовані бази даних та контролі.
Відтворюваність?
Поділіться даними та кодом; зафіксуйте версії.
Контроль якості (QC)?
Моніторьте показники інструменту та бібліотеки.
Звітність?
Всебічні методи та статистичні дані.
Спробуйте наживо
Усе, що вище, працює прямо у вашому браузері — відкрийте Michaelis-Menten Kinetics і змінюйте параметри під час роботи. Нічого не встановлюється, нічого не завантажується на сервер, уся модель живе в одній вкладці.
▶ Відкрити симуляцію Michaelis-Menten Kinetics