Metagenomika: Metody, Potoki Danych i Zastosowania |…

Studium Projektu

Zdefiniuj cele, wybierz strategię pobierania próbek, kontroluj zanieczyszczenia i rejestruj metadane (MIX). Zawrzyj negatywne kontrole i spike'y w miarę potrzeb.

Strategie sekwencjonowania

16S/18S/ITS amplifikacja: struktura społecznościowa o ograniczonej rozdzielczości

Shotgun metagenomika: profilowanie taksonomiczne i funkcjonalne, odzyskiwanie MAG

Długie czytania i Hi-C w celu poprawy montażu i binowania

demo na żywo · powiązana symulacja● LIVE

Przebudowywanie Bioroutecznych Kanałów

Kontrola jakości i usuwanie czytanych hostów

Budowa i ramowanie kontygów

Segmentacja i ocena jakości MAG

Taksonomia i anotacja funkcji

Różnice w abundancji i analizy sieciowe

Zastosowania

Związane z zdrowiem i chorobami człowieka oraz jego profilaktyka, Bioremediacja i monitorowanie środowiska, Optymalizacja procesów biotechnologicznych w przężie przemysłowym.

Przykłady

Przykład 1: Monitorowanie ścieków wód opadowych

Kompozytowe pobieranie próbek; udokumentowanie metadanych.

Sekwencjonowanie shotgunowe; pipeline detekcji patogenów.

Analiza trendów i raportowanie stanu publicznego.

Przykład 2: Mikroorganizmów glebowych dla rolnictwa

Sezonowe pobieranie próbek; zmienne środowiskowe.

Analiza szlaków metabolicznych; nacisk na cykl azotu.

Funkcje łączące do wyników uprawy.

Frequently asked questions

Ile odczytów potrzebuję?

Zależy to od złożoności; typowe zakresy wynoszą 5–20 Gbp na próbkę w badaniach shotgunowych.

Jak kontrolować zanieczyszczenia?

Włącz pustki, używaj czystych pomieszczeń i monitoruj sygnatury reagentów.

Kiedy stosować amplicon a shotgun?

Amplicon dla szybkich badań wstępnych; shotgun dla uzyskania wglądu w funkcje i rozróżnienia szczepów.

Jak walidować biny (MAGs)?

Wykorzystaj metryki kompletności/zanieczyszczenia oraz umiejscowienie filogenomiczne.

Jak porównywać wyniki między badaniami?

Harmonizuj pipeline'sy, bazy referencyjne i strategie normalizacji.

Co z analizą na poziomie szczepu?

Wykorzystaj profilowanie SNV, rekonstrukcję haplotypów i długie odczyty.

Jak radzić sobie z zanieczyszczeniami gospodarskimi?

Mapuj odczyty do referencji gospodarskich na wczesnym etapie; oceniaj resztki po filtracji.

Jak zapewnić powtarzalność wyników?

Zawęź pipeline'y, zablokuj wersje baz danych i opublikuj kod.

Jak annotować nowe geny?

Wykorzystaj grupowanie de novo, HMMs oraz wnioskowanie o ortologii.

Jakie bazy danych wykorzystać?

GTDB, UniRef, KEGG, EggNOG i zasoby specyficzne dla domen.

Wypróbuj na żywo

Wszystko powyżej działa bezpośrednio w Twojej przeglądarce — otwórz Michaelis-Menten Kinetics i zmieniaj parametry podczas działania. Nic nie jest instalowane ani przesyłane na serwer, cały model działa w jednej karcie.

▶ Otwórz symulację Michaelis-Menten Kinetics