Single-Cell Spatial Transcriptomics
Spatial transcriptomics is a powerful technique that combines RNA sequencing with spatial information. It allows researchers to measure gene expression levels in individual cells within their native microenvironment, providing insights into cellular organization and interactions.
This approach utilizes antibodies to tag specific cell types or regions of interest before performing RNA sequencing. The antibody-derived barcodes are then used to map the location of each sequenced transcript back to its original spatial position, creating a detailed 3D map of gene expression within a tissue.
Spatial Resolution
The spatial resolution of the model is defined by the size of the spatial feature maps.
The model uses a convolutional neural network to learn spatial features from the input data.
The spatial resolution of the model can be adjusted by changing the size of the convolutional filters.
Przykłady
Przykład: Atlas Mikrośrodowiska Nowotworów
Projektuj panele i protokół obrazowania.
Integruj odniesienia pojedynczych komórek.
Mapuj nisze i cele terapeutyczne.
Często zadawane pytania
Jak wyrównać modalności?
Zarejestruj obrazy i zrównoważ przestrzenie cech.
Jak zweryfikować?
Testy ortogonalne i eksperymenty zaburzające.
Przepustowość vs rozdzielczość?
Zachowaj równowagę w oparciu o tkankę i pytanie biologiczne.
Efekty partii?
Koryguj na przestrzeni sesji i platform.
Objętość danych?
Wprowadź skalowalne przepływy pracy do przechowywania i przetwarzania.
Normy?
Rozwijające się schematy; dokładnie dokumentuj metadane.
Segmentacja?
Wykorzystaj modele dostrojone do tkanki i modalności obrazowania.
Interakcje komórkowo-komórkowe?
Połącz modele odległości i ligand-receptorowe.
Wizualizacja?
Interaktywne mapy z warstwami i anotacjami.
Etyka?
Zgoda, deidentyfikacja i zarządzanie danymi.
Wypróbuj na żywo
Wszystko powyżej działa bezpośrednio w Twojej przeglądarce — otwórz Michaelis-Menten Kinetics i zmieniaj parametry podczas działania. Nic nie jest instalowane ani przesyłane na serwer, cały model działa w jednej karcie.
▶ Otwórz symulację Michaelis-Menten Kinetics