Comment ça marche
La membrane de l'amibe est dessinée comme 32 points de contrôle répartis uniformément autour d'un centre mobile, chacun ayant son propre décalage de rayon. À chaque image, la simulation additionne le vecteur de chimioattractant provenant de toutes les particules de nourriture voisines, approximant le champ de chaque particule comme inversement proportionnel au carré de la distance — exactement comme un signal chimique qui diffuse, mesuré près de sa source. Les points de contrôle dont la direction vers l'extérieur coïncide avec ce vecteur résultant sont poussés vers un rayon cible étendu à la vitesse d'extension de l'actine, tandis que les points orientés dans l'autre sens se relâchent vers le rayon de base ; tout le contour se bombe donc en un pseudopode du côté tourné vers la nourriture, et l'amibe rampe visiblement dans cette direction, car son centre se déplace le long du même vecteur.
Une courbe fermée lisse est tracée à travers les 32 points à l'aide de courbes quadratiques entre des points médians successifs, ce qui garde la membrane souple et amorphe plutôt qu'anguleuse. Lorsque la frontière de l'amibe, à l'angle correspondant à une particule de nourriture, atteint ou dépasse la distance de cette particule au centre, la nourriture est engloutie : elle est retirée du champ, un marqueur de vacuole apparaît dans le cytoplasme, rétrécissant et s'estompant, représentant la vacuole digestive, et le compteur de particules englouties augmente.
Influence du point : infl_i = dot(dir_i, A)
Rayon cible : target_i = base + max(0, infl_i) · gain
Extension : r_i += (target_i - r_i) · extensionSpeed
Engloutissement quand : dist(center, food) ≤ r_i(angle vers la nourriture) + foodRadius
Questions fréquentes
Qu'est-ce que la phagocytose ?
La phagocytose est une forme d'endocytose par laquelle une cellule engloutit une grosse particule, telle qu'une bactérie ou une source de nourriture, en enveloppant sa membrane autour d'elle et en détachant une vacuole interne. Les amibes l'utilisent pour se nourrir, tandis que les cellules immunitaires comme les macrophages l'utilisent pour détruire les agents pathogènes.
Qu'est-ce que le chimiotactisme et comment l'amibe l'utilise-t-elle ?
Le chimiotactisme est un mouvement dirigé le long d'un gradient de concentration d'une substance chimique. Dans cette simulation, l'amibe additionne un vecteur d'attraction provenant de chaque particule de nourriture voisine, pondéré inversement proportionnellement au carré de la distance, et oriente l'extension du pseudopode vers la direction résultante la plus forte.
Qu'est-ce qu'un pseudopode et comment est-il modélisé ici ?
Un pseudopode est une extension temporaire de la membrane cellulaire, formée par l'actine, que les amibes déploient pour ramper et capturer leurs proies. La simulation modélise le bord de l'amibe comme un ensemble de points de contrôle, chacun s'étirant indépendamment vers l'extérieur lorsqu'il est orienté vers la nourriture, et se relâchant sinon, créant un mouvement bombé et rampant.
Comment l'actine entraîne-t-elle l'extension du pseudopode dans les cellules réelles ?
Les monomères d'actine se polymérisent en réseaux ramifiés de filaments juste sous la membrane cellulaire, du côté tourné vers l'attractant, poussant physiquement la membrane vers l'extérieur. Lorsque le signal chimique s'affaiblit, le réseau d'actine se désassemble et cette zone de la membrane se rétracte.
Que devient la vacuole digestive après l'engloutissement ?
Après l'engloutissement, la particule de nourriture se retrouve à l'intérieur d'une vacuole entourée d'une membrane, où des enzymes digestives la décomposent au fil du temps. Dans la simulation, chaque marqueur de vacuole rétrécit et s'estompe sur quelques secondes, représentant ce processus de digestion.